Olá!
Fabio, por favor me corrija se eu estiver explicando algo errado.
Até onde eu lí a respeito, o rotor é feito de um tipo de imã permanente muito especial que tem uma capacidade extremamete elevada de manter seu fluxo magnético após ser magnetizado.
Acontece porém que ele também perde esse fluxo muito rapidamente caso ele toque em qualquer superfície metálica, o que deve ter acontecido quando você retirou o rotor de dentro do estator. Com certeza devido ao seu forte campo magnético o rotor grudou nas paredes do estator certo? Ou você deve ter tocado o rotor com uma chave de fenda ou chave allen. Então... nesse ponto a mágica do motor de passo foi embora.
Não que se você remontar o motor e liga-lo em um driver ele não vá funcionar. Com quase toda certeza ele vai funcionar. Porém o torque que ele tinha foi reduzido em muito. Muito provavelmente ele vai girar no vazio, mas também muito provavelmente ele não vai mais conseguir arrastar a carga que ele conseguia no passado.
Nas fábricas de motor de passo, o método mais comum é magnetizar o rotor apenas depois que ele estiver devidamente montado, evitando assim que ele toque nas paredes do estator durante a montagem, preservando ao máximo seu poder magnético, que é justamente o que dá a força de torque ao motor.
Bom, a grosso modo é isso...
Abraços.