Difícil dizer - podem ser diversas causas, e especular pode ser complicado.
Eu iria primeiro nas possibilidades mais simples de resolver, como por exemplo nos ajustes de deslocamentos do sistema, e tentaria calibrar a máquina baseado nas maiores distancias que pudesse percorrer.
Verificaria folgas mecânicas em todos os movimentos, e verificaria como estão as velocidades máximas e acelerações em todos os eixos.
Se tudo isso estiver de acordo, partiria para coisas mais complexas e mais difíceis de se detectar, como por exemplo a quantidade de micropassos que o driver está usando, a tensão de energização dos motores, os ajustes de corrente, se o driver está usando (ou não) algum ajuste de "decay" de corrente, frequência de funcionamento do mach3 no PC etc...