Luciano,
As diferenças não estão nos valores cobrados, até porque o custo de execução de uma ou de outra é praticamente o mesmo.
Uma máquina com fusos de esferas recirculantes pode ter deslocamentos um pouco mais acurados do que a mesma máquina com cremalheiras, porque os fusos são peças que oferecem maior exatidão de posicionamento da ferramenta, isso porque as características construtivas dos fusos são um pouco melhores do que as cremalheiras.
Note ainda que não quer dizer que uma máquina com cremalheiras seja pior que outra com fusos - máquinas de grandes dimensões são feitas com cremalheiras porque assim se evitam determinados problemas construtivos.
Se sua necessidade é de ter uma máquina acurada, eu daria preferencia a uma construção baseada em fusos - se a máquina é para produção rápida e não tão acurada, cremalheiras porque tendem a ser mais velozes...
Nem vou entrar na discussão de curtos porque cada um tem sua forma de ver e de construir - tenho visto de tudo um pouco nestes anos todos e prefiro não opinar no que os outros fazem.