Fica tranquilo, é um prazer poder ajudar.
Me parece que o vetor que fez não é igual o cabeçote, ou esta fazendo algo de errado.
Quando fez o percurso no artcam seria interessante usar como referencia do ponto 0 o centro do projeto, se fez isso e o seu vetor esta certinho, maravilha, já dá para começar algo.
Ao fixar o cabeçote na maquina se até aqui esta seguindo tudo certo, você tem que colocar o cabeçote no esquadro da dua maquina, para acertar o esquadro do cabeçote, você pode usar como referencia o primeiro e o ultimo tucho das guias de valvulas ou qualquer outra referencia que achar por conveniente.
Se você colocou o vetor no centro do seu projeto, e seu projeto estiver o centro como referencia 0 é só centralizar sua maquina no meio do cabeçote que vai dar certinho, também.
Antes de fazer o enchimento faça este procedimento, arrume e fixe umas galgas para quando for colocar o cabeçote na maquina para fazer o serviço ela voltará na mesma posição.
Esta é uma outra forma talvez mais simples de você encontrar o ponto de referencia.
Quanto ao percurso, você pode usar enta de 4mm sem problema desde que esteja bem afiada, e o percurso ideal no no meu ponto de vista é o desbaste de dentro para fora em offset, a fresa começa no meio do furo e vai abrindo até dar a medida em todos os furos, uma vez que é só para limpar o resíduo de solda, não precisa descer muito.
Se o vetor não estiver idêntico nas medidas do seu cabeçote, esquece tudo porque não dará certo.
Espero ter ajudado.