Dr. Alexandre,
Não tenho certeza porque não uso, mas se não em engano há alguns pós processadores que poderia inserir um código de troca de ferramentas.
Um procedimento de geração de arquivos de corte para um mesmo objeto que eu adoto é gerar diversos arquivos - todos separados - e quando se deve trocar de ferramenta, na verdade se troca de arquivo.
Desta forma, eu penso que tenho um maior controle do que está acontecendo, e caso haja algum problema durante um trabalho é mais fácil retomar o serviço, pois se sabe exatamente onde está o problema...
De qualquer forma, seria possível inserir manualmente um código de troca de ferramentas nos seus arquivos - basta conhecer as necessidades do programa de controle que está usando...