Lolata,
Eu penso que é melhor ao invés de usar todas uma sequencia de ferramentas de uma vez, gerar arquivos separados, pois isso possibilita um melhor controle do que está sendo feito.
Eu costumo fazer os desenhos das peças sempre usando a referência (ponto 0,0) do lado de "fora" da peça, e de preferência com a referência de altura "Z" na parte de cima do material que vou usar...
Se por exemplo, o trabalho que quero fazer teria 10mm de altura, a parte de cima do material que ele será feito será "Z=0" - todos os trabalhos de usinagem serão negativos.
Normalmente, quando se gera um arquivo de corte com uma determionada ferramenta (e tática), no final a máquina vai levar os eixos para a origem, sendo que o "X" e o "Y" voltarão para zero, e o "Z" ficará na altura de segurança que foi anteriormente indicada no programa.
Pare o motor, troque a ferramenta, e entre na tela de JOG (F8 no Turbocnc)
e mova o eixo "Z" até que a ponta da ferramenta "toque" ma superficie do material.
Aperte "ALT + 3" (isso para informar que o eixo ativo será o "Z")
"Alt + E" para "Zerar" sómente o eixo ativo (em alguns casos poderia usar Alt+M, mas este comando zeta todos os eixos, e nem sempre é bom fazer isso - acostume-se a usar o comando correto)
Suba a ferramenta um pouco e carregue o novo programa de usinagem que pede esta nova ferramenta - está feito