O verde significa que ali vai ser o ponto de entrada.
Quando tem o vermelho, use o zoom, se possivel até o máximo (que voce consiga ver os dois pontos do vetor aberto).
pegue a ferramenta "criar linha contínua" e clique nas duas pontas.
Depois de ligar o vetor aberto eu uso o "trimar vetor na interseção" para tirar todas as pontas.
Cuidado aí pois pode desaparecer toda a peça.
Se isso acontecer, use a opção "desfazer" no menu editar.
Para achar pontos soltos (sujeira) eu seguro a tecla shift e vou clicando em todas as peças visiveis do arquivo e copio (ctrl+c). Não pode clicar e escorregar o mouse pegando todas as peças.
Senão vc vai selecionar tambem os vetores soltos.
Deleto os arquivos que selecionei (mas só se tiver certeza que selecionou todos)
Aí, com o zoom no minimo, eu seleciono toda a tela possivel (no talo da regua).
Se tiver algum ponto escondido, mesmo que esteja debaixo de um vetor bom, eu acho o bicho.
Acho que deve ter jeito melhor, mas ja acostumei.