Davi,
É quase impossível pra quem não tem acesso à sua máquina dar alguma orientação pra vc, pois tem muitas variáveis que não sabemos se vc ajustou corretamente.
Vejamos algumas:
Vc sabe como configurar corretamente os valores de corrente para seu motor neste driver?
Vc fez testes de aumento de velocidade e de aceleração até acontecer stall nos motores nesta sua máquina?
Com os fusos que está usando (é a famosa barra roscada de zinco?), vc só vai conseguir uma performance de 15 a 20% mesmo tendo a mecânica mais azeitadinha possível.
Essa são duas das principais causas de perda de passos.
Tem outras possibilidades, mas comece por aí.