Lucas seja mais especifico.
Que tipo de consultoria precisa? Presencial ou remota?
Software que utiliza?o que é produzido com a máquina ....
Muitas vezes a solução é simples, mas adivinhar fica difícil

Preciso agrupar os projetos num plano de corte único pra melhorar a produtividade, ....

Se quiser cortar várias peças no mesmo painel, é só desenhar várias peças no mesmo projeto e gerar um percurso só para todas.

  resolver pequenas diferenças de altura nas pecas a serem cortadas (sensor?)

Dependendo da diferença de altura, para corte 2d não é problema. Mas se tiver, é mais fácil, ou dar um passe a mais em todas as peças , ou calibrar o material antes. Normalmente quando eu usino materiais mais "brutos" que tem diferença na espessura, eu gero o percurso com um passe a mais, ou seja o primeiro passe fica na altura do zero do material.
O uso de sensores é possível, mas em raros casos compensa o investimento. 

No caso de usinagem 3d as diferenças de altura geralmente não tem problema (a não ser que a diferença seja maior que a área de corte da fresa)

Lucas talvez a grande maioria dos problemas podemos resolver aqui mesmo pelo fórum.
O importante é dar a maior numero de informações sobre as dúvidas para que ser mais fácil entender o problema e ajudar na solução, por exemplo: de quanto são as pequenas diferenças no material?O fórum é exatamente para isso, compartilhar experiências, quem tem dúvida pergunta, quem sabe responde, mas se mesmo assim quiser um consultor, podemos conversar.