Boa tarde Lucas,
Referente suas dúvidas, vamos ver se consigo te ajudar em algo...
Comando G28 - instrução utilizada por alguns comandos para mandar a máquina para a posição G53 (zero máquina). Esta linha deve estar bem no final do seu arquivo NC, correto? Se o código tiver uma instrução para a máquina subir em Z e o M30 (não sei se é este que o Siemens utiliza para indicar final de programa) você pode remover o G28 sem problema algum.
Comando G43 - Instrução para compensação do comprimento da ferramenta (não lembro agora se é para positivo ou negativo). Se você utiliza o Magazine (troca automática), este comando é necessário sim (no caso o comando equivalente para o Siemens). Mas, caso não utilize troca automática de ferramentas, pode remover ele também.
Muito interessante, se você tiver acesso aos manuais do Centro, dê uma olhada no manual de operação, lá você encontra os G's e M's que o comando interpreta e para que serve cada um... Outro ponto importante, você deve verificar se está usando o pós processador correto do powermill para o comando Siemens da máquina... senão, dê uma pesquisada aqui no fórum se alguém tem este pós e possa compartilhá-lo com você.
Att.