O material usinado é espuma (ou cibatool)?
Se for, creio ser alguma coisa de configuração, talvez no sistema de correção de posição de eixo porque para este material não há muita resistência durante a usinagem a ponto de forçar os movimentos de forma a aparecer as folgas.
Quem sabe possa ser ainda alguma diferença gerada pelo software de geração de arquivos, como por exemplo algum engano no sistema de coordenadas, o que eu acho dificil mas pode ser uma possibilidade - dificil porque me parece que que está usando uma ferramenta de topo reta, e há diferenças de profundidade.
Se fosse um problema de esquadro, o uso de uma ferramenta reta deixaria a superficie toda ondulada como se fosse usinada por uma ferramenta de nariz redondo só que de raio grande - daria para ver as cúspides formadas pelas intercecções dos raios gerados pela ferramenta.
Voce tocou num detalhe e que pode ser uma possibilidade sim - o sistema de correção de altura de ferramentas - acho dificil, mas pode ser um erro de cálculos na hora da compensação...
Veja se o banco de dados está íntegro e faça outros testes...
Talvez um teste diferente mostre se há erro ou não - quem sabe se girar o objeto em 45º - assim as faces serão usinadas com movimentos interpolados em 2 eixos - veja o que acontece
São só sugestões, pois não conheço seu sistema.
Talvez seja o caso de chamar o pessoal da volumetric para uma avaliação do sistema.