Boa noite Michel,
Você fez o backup da pasta do mach3 antes de formatar o micro? Se sim, acredito que basta apenas você copiar seu arquivo de configurações de volta para a pasta da nova instalação... o nome padrão do arquivo é mach3mill.xml. Se você tinha um "perfil" personalizado, então o arquivo vai ser "nome do perfil".xml
Se não fez backup, você vai ter que calibrar os steps per unit de todos os eixos novamente... ou se você souber os valores, pode informá-los diretamente no menu configs > motor tuning...
Att.