Após as conversas deste tópico: http://www.guiacnc.com.br/software-cam-geral/cam-para-pci/  fiz uma pequena busca por alguma solução que resolvesse o problema de os gcodes de vários programas serem mal otimizados e parecerem ter sido criados pelo Gene kelly ou Fred Astaire. 

Achei alguns links que pareciam boas promessas, mas só um funcionou a contento.
Este daqui: http://tinyurl.com/799l9r2 que, de acordo com o autor, infelizmente só funciona para os gcodes criados pela ulp pcb-gcode do eagle.
Testei com alguns (poucos) gcodes de outros programas e realmente não houve melhora.

Ele também funciona para os arquivos de furos (drill), mas se tiver troca de ferramenta no arquivo original, a otimização muda para somente uma ferramenta por arquivo.

É uma suite com 5 programas, que trabalham com a função arraste e solte. 
Algumas imagens dos resultados e dicas do autor estão no link no cnczone:
http://www.cnczone.com/forums/pcb_milling/88972-gsuite_free_gcode_tools.html

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Achei um outro criado em Python, mas este não consegui fazer funcionar, nem no win, nem em linux.
Se alguém quiser tentar, o link é este:
http://psychoul.com/cnc/path-optimize-for-pcb-gcode