Jack,
Provavelmente por estar só habilitado no pcbgcode para gerar o layer top da placa.
Precisa habilitar no setup para bottom.
Procure já deixar todas as camadas habilitadas, se não for usar determinado layer basta deletar os arq gerados.
O ideal seria usar a ulp mirror antes, pois senão a placa será fresada invertida.
Até tentei aqui, mas a versão free não suporta pois a placa tem + de 100mm.
A solução, um pouco mais trabalhosa, é mudar as trilhas para top na mão.