Obrigado Viumau, (não por isso!)

Ficou melhor agora porque as trilhas sao bem largas e com os 3 contornos na volta de cada trilha, (Paulo, essa melhoria se deve a configuração no PCB-gcode do Eagle, por isso é que houve uma grande melhora em comparação ao arquivo que vc já havia usinado).

foi possivel até testar as folgas que tem no meu router. (Tire todas folgas da sua cnc ou não terá seus trabalhos satisfatórios).

Perguntas:

1- Teria uma imagem com medidas aproximadas de quanto fica essa placa para eu comparar com a que fiz? (Não), (veja no quadro do seu programa da cnc onde roda o g-code e faça as medições por lá, exemplo, "G1 X50,25" isso significa que a sua cnc irá mover o portico X em 50,25mm apartir do ponto 0, é poraí que deverá se basear e não em imagens, se sua cnc anda 1 metro pelo g-code, então seu trabalho tem que ter 1 metro, ok)

2- No arquivo de furação, cada vez que a retífica vai até o ponto 0 para depois retornar ela arranha a placa, sabe me dizer como eu poderia fazer para acertar isso cada vez que acontecer em novos casos? (Paulo depois que ela para em 0 é para a troca de ferramenta, vc terá que trocar para a proxima ferramenta que o programa solicita e ZERAR a ferramenta novamente, como nesta imagem abaixo), existe uma configuração no setup do Mach3 que vc pode usar para levantar a ferramenta com segurança. (Eu contumo usar algumas técnicas para alinhamento e zeramento da ferramenta, este vídeo mostra uma delas).

https://www.youtube.com/watch?v=xz4LCIJyd2A

Mais duas que esqueci de colocar na pergunta anterior(desculpe) (sem problemas, não se desculpe não pisou no meu pé)

3-Quando tenho um desenho e a pessoa ou eu mesmo não regulei o ponto 0 bem no cantinho de qualquer um dos quatro cantos da placa, (É obrigatório zerar em um ponto da placa, ou em X ou em Y dependendo da configuração da sua cnc).

a mesa não tem área suficiente para a usinagem(veja imagem em anexo). (Que imagem?), (a mesa tem que ter área suficiente para usinar a placa PCB de uma só, se tiver que dividir o g-code e usinar em etapas da um trabalho monstruoso para emendar as trilhas e possivelmente terá um mal trabalho). 

Teria uma forma de corrigir isso no MACH3 para colocar o 0 bem no cantinho de um desenho? (sim terá que mover os pórticos e zerar os DROs, LEIA O MANUAL DO MACH3, lá explica muita coisa).

4-Quando o desenho da placa fica bem pequeno no MACH3, como faço para centralizar ele no quadro preto e dar zoom? (Uma dica use todos os botões e o scroll do Mouse (rodinha no botão central),  LEIA O MANUAL DO MACH3, lá explica muita coisa).

Viumau, instalei novamente o pcb gcode na versão mais nova, mas o problema continua. Tenho a impressão que quando a máquina executa o comando é como se o tamanho da placa estivesse muito reduzido, por isso a impressão que não sai do lugar. 
Você acha que devo instalar a versão mais antiga do Eagle?
Grata

PROBLEMA RESOLVIDO.

Fábio Gilii identificou a solução. O problema estava na parametrização do controle de velocidade constante do Mach3.

Na tela de configuração Geral (anexo) tem um quadro onde pode ser alterado parâmetros do controle de velocidade constante. Fiz muitos testes com vários parâmetros, mas para este problema específico só consegui resultados alterando o parâmetro "Stop CV on angles > ... Degrees" (Parar controle de velocidade constante em ângulos maiores que ... graus).
Fiz testes com vários valores e o que deu resultado mais adequado para minha máquina foi 70 graus. Note que nenhum outro parâmetro está marcado, somente este. Na minha máquina o driver está configurado para 1/2 passo (400 passos por volta) e o fuso o passo é de 5mm/volta).

ABS!