Ramede,
Vou tentar responder à suas perguntas, e tenho certeza que se não for preciso, algum colega vai corrigir:
1-Procede - sugiro usar fontes separadas sim - eu nem usaria a fonte do PC - uma fonte de 5V não custa nada
2- Existe um padrão sim, mas há liberdade de se usar a bel prazer..
Normalmente se configura o probgrama conforme a pinagem do circuito...
3- O modo de operação do integrado deve ser estabelecido préviamente, e normalmente não deve ser alterado durante um trabalho - não conheço circuito que tenha previsto este tipo de alteração via programa.
Na grande maioria dos casos se usa "meio passo" para evitar problemas de ressonância dos motores, e para melhorar um pouco a resolução por passo...
4- Pode ser ligados todoss juntos...um bit para comandar todos
5- Na minha opinião, se você usa por exemplo comando de bombas de refrigeração, aspirador, ou outro periférico que mereça ser monitorado, um led pode ser interessante.