Motores de passo? Eu coloquei 2 servos no eixo Y e configurei eles no driver para girar um para cada lado. Vc tem que ver na aplicação da sua máquina se eles vão girar ambos no mesmo sentido ou se quando um gira horário, outro tem que girar anti-horário para fazer o mesmo movimento em um fuso ou cremalheira. Vc pode fazer essa mudança de sentido, no Mach 3 no menu config, ports and pins e mudar o Dir ActiveLow de algum deles.
Para o mach reconhecer os dois no mesmo eixo, vc vai em Slave axis e configura o eixo A por exemplo, para ser escravo de Y, assim tudo que for comandado para o motor Y, vai ser comandado para o A. Só lembrar de ver o sentido de rotação, pq se vc tiver usando cremalheira por exemplo, qdo tentar fazer rodar a máquina, um motor vai querer ir para um lado, outro vai querer ir para o outro e se isso acontecer em um pórtico, pode dar muita merda.