Gabriele,
Precisaríamos de mais informações: por exemplo, quando você aperta algum botão de emergência durante o funcionamento normal da máquina, ela para ou continua funcionando?
Pode ser que sua máquina tenha botões de emergência ligados apenas na eletrônica ou mesmo que derrubem um contactor, e isso faz a máquina parar mas não sinaliza o cnc que parou...
Para se conectar emergência no cnc, é preciso usar uma interface que possua algum pino de entrada de sinal disponível, e então se configura este sinal como ESTOP - Parada de Emergencia.