Alessandro, quanto à potência vc pode utilizar o trafo tranquilamente, os motores vão demandar no pior caso 48W e o trafo é capaz de muito mais que isto, o prob é a tensão.
Usando o secundário de 45V vc terá após a retificação e filtragem 63V em aberto, o que é um tanto excessivo para a CNC3AX, principalmente se não for dotada de diodos rápidos para e recirculação. Creio que com os diodos deva funcionar.
Uma possível alternativa é conectar os secundários de modo inverso ao que disse acima, de maneira que as tensões sejam subtraidas e com isto vc terá 45 - 12 = 33Vac ou seja, 46,2Vdc após retificação e filtragem, o que já é bem razoável e tá dentro do que o driver suporta.