Brenk,
A BIOS tem algumas opções que configuram o tipo de porta paralela que se deseja usar...
Pelo que está parecendo, você usa programas de controle de motor de passo através do Windows...
Se for usar o Turbocnc, este roda exclusivamente em DOS, e a porta paralela deverá estar ajustada para SPP ("Simple Parallel Port") exclusivamente....
Já no caso do Ruindows, muitas impressoras precisam de comunicação bidirecional, então se ajusta a porta em EPP ou ECP...
Se no seu computador a eletronica não funciona, mas funcionou em outro micro, pode ser que o programa não esteja adequadamente configurado, ou mesmo que este seu micro em especial tenha problemas com os niveis de tensão na porta paralela...
Alguns micros só conseguem gerar tensões na casa de 3V, e para muitos controladores de motores isto é pouco.
Se resolve facilmente adotando um "buffer" entre o PC e a placa de controle...
Cuidado com a porta paralela - como você disse que é "onboard", se queimar já era...
Só conecte e desconecte cabos, placas e impressoras com o PC desligado ...