Bem, vamos por partes...
Ao ligar/desligar o PC, é comum que o nível de sinal nas portas seja aleatório, e consequentemente, se há uma eletrônica ligada (e energizada) à alguma porta, pode acontecer de algum periférico ligar/desligar porque está recebendo sinal para tal...
O mais correto é, para ligar o sistema, primeiro liga-se o PC, depois o programa de controle e por fim a eletrônica - para desligar a ordem inversa...
Sobre o sinal para solenoide que algumas vezes funciona, outras não, verifique o nível de sinal na porta - normalmente falamos de 5Vdc como sendo alto e 0Vdc como baixo, mas no mundo real pode esperar algo entre 0 e 2Vdc como baixo e 3,5 a 5 Vdc como alto, mas note bem que pode acontecer que algum pino de saída pode não fornecer a intensidade necessária para excitação de algum componente, ou mesmo a interface pode estar com um pequeno defeito...
Por fim como medida de testes, troque o PC para ver se o problema continua caso não tenha detectado nada de anormal nas saídas e na interface.
Imaginando que está usando um PC com saída paralela, veja como está a configuração de porta na BIOS (ECP, EPP, SPP etc.)
Veja ainda se não está usando ACPI (controle de energia na BIOS), pois este componente é um grande vilão para cncs...
Se for uma interface por USB, pode ser alguma configuração (ou mesmo defeito) na placa...
Fabio