Experimente tirar o aterramento comum entre o PC e a caixa da eletrônica.

CNC3ax EMC perdendo passo causa rede elétrica

Fio rosa é o aterramento

CNC3ax EMC perdendo passo causa rede elétrica

CNC3ax EMC perdendo passo causa rede elétrica

Saída dos fios x, y, z. E entrada do cabo paralelo pc.

CNC3ax EMC perdendo passo causa rede elétrica

Fonte:

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Caixa metálica:

CNC3ax EMC perdendo passo causa rede elétrica

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O aterramento não foi feito com barra de cobre, utilizei um vergalhão (ferro de obra).

Alguns comentários:

(1) Para ser mais efetivo, os dois enrolamentos de um filtro de linha devem estar no mesmo núcleo, para compensar a corrente de modo comum. Há farta literatura sobre isso, exemplos:
http://www.murata.com/products/emiconfun/emc/2011/10/28/en-20111028-p1
https://www.coilws.com/index.php?main_page=page&id=128

(2) Poste um desenho mostrando como foram feitas as ligações de aterramento, as fotos estão boas, mas não dá para verificar onde e como o aterramento está ligado.

(3) A sua tupia, me parece uma pequena retífica de corpo plástico de baixo custo (e menor qualidade), não oferece uma blindagem efetiva para a radiação do ruído oriundo das escovas, que são uma importante fonte de ruído impulsivo. É importante colocar um ou dois bons capacitores de baixa indutância (de poliéster) em paralelo com a fiação de alimentação, bem junto à retífica. Me parece que isso foi feito (a peça azul)?
 
Cabe destacar que é melhor não usar aterramento do que usar algo que piore ainda mais, fazendo o ruído se espalhar para "todos os lados". Veja que não basta ligar algo à "terra" que o "ruído" some!! Ruído é um sinal que pode ser complexo, ocupando uma ampla faixa de frequências e/ou pode se concentrar mais fortemente numa faixa mais estreita de frequências, pode ser intermitente ou continuo, .... Mas, com metodologia e equipamentos adequados, pode ser localizado, medido e atenuado. Não se trata de "magia negra", mas, requer metodologia e saber o que se está fazendo e quais ações são tecnicamente indicadas para cada condição.

(4) Use um método analítico, por eliminação, primeiramente, tente ligar e desligar a retífica para verificar se é a fonte interferente. Depois, vá isolando e desligando/ligando cada carga elétrica de seu CNC e verifique o efeito correspondente.

(5) Verifique a fiação de seu conector DB-25 meio pendurado, pode eventualmente apresentar mal contatos, que pode ser confundido com ruído. Use conexões firmes, soldadas e mais  imunes à vibrações. Não precisa usar fiação de grande bitola, uma fiação mais fina, possui menor massa (menos propensa a vibrações) e muito menor capacitância (se "acopla menos" a outras fiações próximas).

(6) Por que você afirmou que o ruído vem da rede elétrica? Há algum problema específico?