Daniel,
O fato do eixo se locomover para um lado ou outro não tem tanta importância, a não ser que isso vai ser refletido na forma de gerar os arquivos de corte, pois no momento da criação você terá que ter em mente onde está a origem...
Posso estar errado, mas as configurações atuais do seu arquivo só estão informando que há um final de curso máximo em Y, mas não informa que o sensor também é usado para Origem...
Veja o código que está no seu programa:
net max-home-Y <= parport.0.pin-11-in-not
Este comando informa para que o pino 11 da paralela seja ligado como limite máximo de Y e como home...
Veja o código que eu sugerí:
net Y-home parport.0.pin-11-in-not => axis.1.home-sw-in axis.1.neg-lim-sw-in
Experimente adicionar esta linha no seu arquivo, e teste...