Estou com um problema semelhante (estou com uma máquina instalado o XP e o UBUNTU)
Na inicialização do UBUNTU, é dada uma mensagem de que não existe o arquivo root ... e após várias reinicializações do hard ele ainda não funcionava.
O que eu fiz, iniciei pelo windows e este funcionou ... eu entrei e um arquivo dentro da pasta UBUNTU encontrada pelo windows e nela tem um root com nada mais que 13.600.000Kbites!!!
Mas então, eu não quiz mexer e piorar as coisas e reiniciei a máquina, escolhi o UBUNTU e funcionou ... pá .. q coisa louca.