Não vejo problemas em continuar desligando manualmente a máquina - só por comodidade?
Na verdade, posso dar um exemplo de que o desligamento automatico seria importante.
Tenho uma configuração de relé ligado na ventoinha da fonte do pc.
Para liga-lo, eu preciso apertar um interruptor no circuito do relé e apertar o interruptor do pc. Daí ele (pc) inicia(liza).
Ou seja, o relé só fecha contato quando a ventoinha gira.
Esse relé controla todas as tomadas do filtro de linha e tudo ligado a ele só funfa quando o relé fecha.
Do mesmo modo, quando a ventoinha para o rlé abre, desligando os aparelhos e periféricos ligado às tomadas.
Se eu preciso fazer alguma coisa no computador (Ex: compilar um kernel e com Shutdown programado pro pc não ficar ligado depois de finalizado o processo) que leva muito tempo, e sem precisar estar presente, essa comodidade ajuda muito pois todos os perefericos serão desligados ao fim do processo.
Mas, é claro que posso fazer esse tipo de coisa num outro kernel que não o rtai.