Sérgio,
Estes 4 arquivos que são indicados em Debug File information são os responsáveis. Até as linhas são indicadas.
Pra resolver sem saber o que causou estes conflitos não é tão simples.
Se vc não modificou nenhum arquivo ou não acrescentou nada na antiga configuração que funcionava bem, sobram duas possibilidades:
Ou seu HD esta morrendo e corrompendo arquivos, ou houve uma atualização, seja do sistema ou do linuxcnc.
Desabilite toda e qualquer atualização.
Faça isso somente quando tiver certeza de resolver todos os conflitos que possam aparecer nesta atualização.