... fundamentei.me no projecto reprap + arduino ...
Não é um bom paradigma para CNC ,,, falo com algum conhecimento de causa, tenho uma Reprap aqui e trabalho com CNC há bons anos ...
Certamente seria possível fazer o que vc inicialmente pensou, mas o que sugeri é muito mais simples e mais adequado a uma máquina CNC, além da implementação bem mais rápida.
Os drivers que vc montou podem ser aproveitados, desde que sejam compatíveis com os motores que pretende usar. Nada mais é necessário, quando muito uma placa com acopladores óticos para isolar completamente o PC da máquina, se julgar necessário.
A configuração básica do EMC2 não toma mais que alguns minutos, num instante vc poderá movimentar seus motores ...