Pintar não é uma boa idéia
Pode tirar o ferrugem com limão e sabão e um pano ou uma lixa bem fina (400 ou mais fina) "bombril" ou algum produto milagroso de tirar ferrugem...
Depois de limpar os eixos, passe um pano com óleo fino

não vai dar elas por elas não...
lixar com lixa fina e de leve só para tirar o ferrugem. Quanto menos lixar melhor.

Se está com pouco ferrugem, uma palha de aço resolve. Mas eu primeiro tento limpar apenas com limão e sabão. Esprema um limão, coloque um pouco de sabão em pó. Molhe os eixos, deixe por alguns minutos (ou mesmo horas, mas sem deixar secar) e limpe com um pano.
Pintar eu nunca vi, até porque não vai adiantar fazer uma pintura pois quando usar vai sair a pintura.... Umas gotas de óleo é muito mais eficiente

Pessoal, bom dia!!!
Fiquei um bom tempo sem utilizar minhas CNCs e percebi que os eixos estão enferrujando!!!
  A pergunta é .... Posso lixar é pintar para evitar a ferrugem??? Isso vai atrapalhar e travar os pillow block?

Tudo depende do grau de ferrugem, se a ferrugem for só "estética" e não compromete o funcionamento, basta usar um óleo desengripante, você pode até lixar de leve com lixa fina para melhorar o acabamento, mas limpe bem pó do abrasivo da lixa e evite que entre nos rolamento.
Nunca passe esponja de aço em ferrugens, ela impregna o material e o torna mais suscetível a enferrujar com facilidade.
Nunca pinte superfícies de contato, a tinta não tem resistência mecânica, altera as medidas e pode acumular nos rolamentos causando danos ou travamentos
Se a ferrugem já estiver comprometendo o funcionamento, considere substituir as guias.
Mantenha a lubrificação preventiva e as guias sempre lubrificadas mesmo que a máquina estiver sem uso, assim, no dia que precisar usar elas estarão impecáveis.