Vou expressar uma ideia, mais com o objetivo de te tranquilizar e, quem sabe, te sugerir uma solução. Tvz pela data, vc já deva ter adotado alguma medida corretiva. Curti tuas fotos e achei a montagem interessante. As torsões estruturais são relativamente admissíveis em processos de soldagem, principalmente em metalon com perfil fechado (quadrado ou retangular). Podem ser minimizadas utilizando-se gabaritos prévios, processos de solda "menos quentes", etc, mas o que está feito deve e pode ser utilizado. O amigo já disse que calçou a régua, sem êxito. Na minha opinião:
- desmonte todo o mecanismo.
- avalie criteriosamente este erro de desnível no eixo X.
- utilizando uma serra manual ou uma lixadeira com disco fino, abra um corte logo ao lado dos cordões já feitos nos ângulos adjacentes ao lado que deseja "subir" em apenas 1/3 da proporção do perfil.
- Com o uso de força ou calor, deforme ligeiramente a estrutura e só ponteie com solda os locais abertos.
- Monte as guias de X novamente, junto com o carro. Teste inúmeras vezes as torsões até ficar satisfeito com o resultado, numa combinação de medições e deslocamento "leve" do carro, se necessário refazendo os pontos de solda.
- Tudo acertado, finalize tua soldagem na metodologia de cordão pequeno, esperar esfriar, depois outro cordão, e assim por diante.
DICA 1: Tentar remover a solda nos pontos já finalizados leva geralmente e remover inclusive o material, diminuindo espessura, causando marcas feias na estrutura e dificultando o acabamento. Um cordão de solda paralelo adicional vai ficar com boa aparência.
DICA 2: Esta é a que vc deve estudar muito antes de tudo. Se o EMPENAMENTO da tua estrutura for relativamente pequeno, esta torsão pode ser corrigida por meio de calor, aquecendo com maçarico e resfriando nos pontos certos, o que pode ser tentado por um bom serralheiro / mecânico, mas isto está meio difícil de encontrar. Se não achar, tente o que foi postado.
NÃO ESQUEÇA DO USO DE EPIs. À disposição para o que for possível.

Nelsão, muitissimo obrigado pelas dicas!
O que eu estou pensando em fazer é:
1) remover as soldas conforme indicado por você
2) Com os 4 cantos da base separados, parafusar as guias lineares nas duas laterais
3) Prender a mesa de aluminio e encaixar nas guias
Nesse ponto, eu tenho a mesa presa nos patins, que estao encaixados nos guias, que estao presos nos ferros das laterais. Os ferros laterais vão estar 100% paralelos, uma vez que a mesa de aluminio (que estara plainada) irá manter as guias alinhadas.
4) Encosto os ferros da frente e de tras nos ferros laterais, formando assim o 'quadrado' da base da maquina. Verifico os alinhamentos e faço pontos de solda para conferir.
Uma vez confirmado o alinhamento, termino a solda. Desta maneira nao terei mais o problema de alinhamento que tenho hoje pois a mesa de metal nao deixará acontecer a torção que tenho hoje.

Realmente, a soldagem de estruturas de precisão é uma arte que poucos "profiçionais" dominam... (o erro é proposital... ).
Eu construí uma serra circular de mesa, com guias de deslizamento, inteiramente ajustada na lima e montada apenas com parafusos e porcas. Não tenho do que me quaixar em termos de alinhamento, paralelismo e esquadro...
se for mexer nas soldas, eu reforço o que sugeriu o colega. Não tente cortar a solda em si, pois o material soldado é bem mais duro (e de dureza irregular) que o material original, um verdadeiro terror para as lâminas de serra manuais.

Até tenho, mas antes gostaria de esclarecer que a serra é de uso manual, e que as guias a que me refiro são para o deslizamento de suportes para corte a 90 e 45 graus, e foram feitas com as próprias chapas do topo da mesa...
Interessa assim mesmo ?