Não entendo de máquinas CNC, mas de Física eu sei um pouquinho...
A chapa plana, por mais grossa que seja, está sujeita a flexão e vibração, em especial se houver ressonância.
Por isso as bases das máquinas industriais são nervuradas. Quando você acrescenta material perpendicular à superfície, aumenta enormemente a rigidez do objeto.
Se decidir pelo "faça você mesmo", pode usar chapa até mais fina, e acrescentar as nervuras na forma de perfil "L" parafusado com parafusos cabeça cônica rentes à superfície, ou até mesmo usando adesivos estruturais especiais ( A Loctite fabrica esses adesivos).
Fiz isso na minha serra circular artesanal.
A mesa da serra mede uns 75 por 100 cm, e tem apenas 4 mm de espessura, sendo toda a rigidez do conjunto proveniente de perfis "L" parafusados por baixo. Aliás, quando construí essa serra, não tinha interesse em soldar nada, fiz tudo na base do parafuso com porca.