O problema da soldagem são a deformação e as tensões internas geradas no material, que podem gerar desalinhamentos, principalmente sendo uma estrutura pequena e mais esbelta. O uso de parafusos adequados, pequenos e numerosos, a meu ver, pode ser mais indicado. Parafusos corretamente dimensionados podem fornecer o aperto adequado de maneira mais distribuída.

Bom questão levantada. Aposto que qualquer fabricante tem uma dorzinha de cabeça sobre essa questão, a fim de otimizar processo e garantir qualidade.
Acho que deve-se utilizar solda e parafuso, vai depender do tamanho da sua máquina tambem.

o Perfil que eu vou usar é este:

Tinha pensado em cortar em 45 graus e encontar para formar os 90 graus pretendidos. colocar uma cantoneira por fora e fixar as 2 partes com 4 parafusos. e a "orelha" fazer uma chapinha pra cima e uma para o lado de baixo e fixar com 2 parafusos cada chapinha.

É uma saida para a solda eletrica.

Oque voçes acham?

Agora vi perfil 100x40, máquina com dimensão de 500x500 eu faria parafusada nesse caso

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Eu construí há alguns anos uma serra circular de mesa, com ajuste de altura da lâmina e com guias de deslizamento para acessórios usando unicamente parafusos M8 e porcas.
A máquina é absurdamente rígida, e nos logares mais críticos, como as três chapas do tampo, que precisavam ficar muito bem alinhadas, fiz apenas os furos dos cantos e usei entre as peças adesivo epóxi de 24 horas, e alinhei cuidadosamente com esquadro e réguas. Depois de curado o epóxi, fiz os demais furos destinados a dar resistência.
Além disso, usei para os furos uma broca fracionária de modo que os M8 entravam raspando no furo (na verdade, arrancavam um pouco do material dos perfis, pois usei parafusos de dureza 8..
Eu recomendo os parafusos, pois além disso você terá uma imensa facilidade em modificar sua máquina ou desmontá-la para transportar caso necessite (aconteceram as duas coisas com a minha serra).

 Eu estou terminando a minha , a estrutura está pronta e pintada faltando apenas o chicote .
 Ela é praticamente toda feita com cantoneira de 2" e o suporte do motor com cantoneira de 1" .
 Fiz toda parafusada com parafuso Allen , na maioria dos ligares tem rosca em uma das cantoneiras toda ela fixa com arruela de pressão e contra posta .
 Os parafusos são na maioria m6 montados em conjunto de 3 parafusos por ponto de fixação e m10 em alguns pontos que achei necessário e na fixação dos rolamentos .
 Eu particularmente gostei bastante do resultado , embora tenha pensado em fazer soldado e de ser mais trabalhoso fazer com parafuso achei que soldando seria praticamente impossível (com os meus recursos) um esquadro perfeito e não me daria nenhuma possibilidade de ajuste ou regulagem .
 No ponto de vista estrutural , tanto soldado como devidamente parafusado não deveria fazer diferença de rigidez .
 Caso se interesse o resultado final é esse aqui http://www.guiacnc.com.br/projetos-dos-usuarios-guia-cnc/minha-cnc-filhote/15/

cara mete solda,a minha eu tinha feito parafusada agora comprei tubos de ferro e to soldando tudo ta ficando muito firme