Fabio,
A minha intenção seria montar realmente diretamente no eixo X.
Conforme o material a fresar (altura) colocaria o equipamento sobre trilhos ou pés, para conseguir a altura necessária.
É claro que o suporte dos trilhos do eixo X, seria um suporte bem estruturado, talvez um trilho em aluminio tipo I retificado no topo, mas tudo muito leve.
Gostei do plotter, bem interessante