Ivan,
Para uma placa universal do tipo "ilhas isoladas", opção que eu uso quando quero fazer apenas uma peça, é só estudar um lay-out otimizado, mais ou menos próximo da montagem no Protoboard, posicionar os componentes e soldar os fios em ligações ponto a ponto. Eu uso sobras de fios de multicabos de telefonia, que são finos, rígidos e pré estanhados. Também há placas universais do tipo "trilhas de cobre", que podem ser cortadas com estilete.
Para fazer uma placa eu normalmente uso o Eagle, para fazer primeiramente o esquema e posteriormente a placa. Dá até para gerar o arquivo de fresagem e furação numa CNC. O Eagle voce baixa de graça no site da empresa (
www.cadsoft.de). Se precisar de alguma dica, conheço alguma coisa...
Também poderia usar o Proteus, mas eu não conheço a parte de fazer placas. Também há outros programas por ai....