Se entendi bem você pode está tendo problemas com os opto acopladores na sua placa TB6560, no seu caso o opto é o responsávem pelo acionamento do do relé do spindle, experimente substituí-lo por outro que provavelmente seu problema será solucionado, o opto é o que marquei na foto.
Qual programa você esta usando para controlar sua CNC? caso esteja usando o mach3 tente desinstala-lo e instalar novamente, pois pode também ser um erro no arquivo.
Espero ter ajudado.