Tente assim:
G0 x0 y0 z50
G1 z0 f200
G0 z50
G1 x40 y40 F200
Normalmente se usa o Z0 para zerar a ferramenta na peça. Para furar, use "G1 Z-50 F100", por exemplo.
É necessário, também, saber como vc configurou o software (Mach, Emc2, etc) para saber se a máquina está perdendo passo, etc...
Tente explicar com mais detalhes a máquina, a configuração, os motores, a eletrônica, etc...
Abç.
Jorge
Editando: teste em vazio, primeiro, ou seja, ligue tudo mas com a broca longe da peça pra vc acompanhar o funcionamento dos eixos...