Landa,
Eu não costumo salvar percursos agrupados, pois em alguns casos se der um erro em um dos arquivos dutrante uma usinagem fica mais dificil saber onde errou e corrigir.
Eu acho mais fácil manipular um arquivo de cada vez, e eu faço a sequencia de arquivos manualmente, carregando um arquivo de cada vez (e executando) para ter um melhor controle...
Sei que dá para editar o pós processador, e inserir o seu código, mas é que aí fica meio estranho, porque acredito que ele vá querer sempre repetir aquela combinação de códigos preparatórios em todos os arquivos, o que pode atrapalhar um pouco...
Quando eu edito o pós processador, normalmente altero detalhes, como uma pausa para esperar que o motor de spindle acelere, ou mesmo para enganar o Turbocnc quando aparece aquele bug de velocidade em G00, quando ele manda o eixo na menor velocidade, e não na maior...
Eu altero de forma que todas as ocorrencias de G0 se transformem em G01 com F9999