Sei que já resolveu o problema, mas todo mundo deixou passar um detalhe logo nos primeiros posts:

 O Colega "sijoga" disse que o programa para, mas o motor não. Logo o arduino esta enviando pulsos se a entra estiver on

lpt1 esta ficando no mesmo estado como se o botão da direção estivesse precionado.

Portanto esta assim:


 LPT "sinal alto" ->  Arduino "pulsos" |_-_-_-_-_|

LPT "sinal baixo" -> Arduino "sinal Baixo" |_______|


A Lpt não trabalha com tipo "liga/desliga" os motores, mas sim por passos, cada pulso que sai do lpt é um passo no motor. Logo não precisa do arduino para fazer nada. Ligar diretamente como você fez soluciona.

 Pode ate usar o Arduino como uma BOB, ligado entre a LPT e o driver (chip no seu caso).  Basta usar o codigo:

int pino;

void setup() {
 
  pinMode(1, INPUT);
  pinMode(2, INPUT); // pinos de entrada
 
  pinMode(3, OUTPUT);     
  pinMode(4, OUTPUT); // pinos de saida
 
}

void loop(){
 
 for(pino=1 ; pino < 3 ; pino++)
 {
  if (digitalRead(pino)==HIGH)
  digitalWrite(pino+2, HIGH);
  else
   digitalWrite(pino+2,LOW);
    }
}