Oi Gabreiltms;
O corte de acrílico com laser não gera esse tipo de problema. Eu tenho um amigo que opera duas máquinas laser só com acrílico, PVC expandido, policarbonato, PETG e polipropileno, já há alguns anos, sem problemas de odor ou fumaça. As instalações dele se resumem a uma sala fechada com exaustão direta das máquinas, por meio de dutos flexíveis para o fundo da empresa.
Já o corte de MDF é diferente mesmo. Muita gente nem corta MDF a laser devido aos problemas na própria máquina, principalmente se for do tipo que usa espelhos no feixe laser.
O que eu já ví em processos industriais que produzem fumaça tóxica, é sugar a fumaça com um exaustor centrífugo e fazer a corrente de ar passar por algum tipo de reservatório com líquido (água + algum reagente), borbulhando como o arejador de aquário, ou uma cabine de névoa. Não sei se existe algum equipamento comercial para isso.