Vou dizer o que você já deve ter feito. O principio da máquina é ficar tudo muito bem alinhado, e o feixe do laser batendo nos espelhos a 45º, depois vem os ajustes finos. Eu começaria da seguinte forma, não sei se irá dar certo, mas ....
- Máquina bem nivelada inclusive o tubo com a máquina, veja se a estrutura da máquina não tem torção.
- Verificar se o tubo está paralelo com o eixo X essa parte é meio chata porque o tubo está na parte de traz, mas dê um jeito.
- Análise nos quatro cantos da mesa levando a caneta em cada ponto, coloque um gabarito para ver se a mesa mantém a mesma altura em relação ao bico, se não estiver terá que mexer na mesa no ponto que tem a diferença, até os pontos baterem iguais. Por vezes no meio costuma ter alguma alteração por conta de empeno no eixo X, neste caso não tem muito que fazer tem que ir por média é assim que faço na minha laser.
- Eixo Y com algum empeno ou não estão corretamente paralelos.
- A lente que está no bico solta.
Como vê tem muitos itens para analisar, mas tem que fazer por etapas para assim saber onde estava o problema, na pior da hipótese trocar a maquina se tiver essa chance.
Depois com a pratica vá conhecendo bem ela, assim que eu fiz, não sou técnico, mas aos poucos fui me virando. Aproveite e veja o tópico do Josias Nunes.
Abraço.

Conseguindo resolver o problema, conte também um passo a passo  como resolveu, para ajudar outros com problema semelhante inclusive eu.
Abraço.

Fiquei feliz por ter conseguido, fiquei interessado na forma de alinhar as guias, se não se importar, poderia compartilhar o link? Quanto mais soubermos melhor para todos.
Não precisa agradecer tudo que sei foi graças à comunidade. 
Maquete(Carlos)