Se for retardo eletrônico, ao movimentar em baixa velocidade, o efeito do retardo se reduzirá (a princípio, considerando que a máquina não está se deformando devido às maiores acelerações presentes em velocidades mais altas), se for problema mecânico, o "retardo" (desalinhamento) não deve sumir. Para confirmar se é mesmo esse retardo, reduza bem a velocidade de deslocamento.
Como todos os traços num mesmo sentido estão alinhados, eu apostaria em problema mecânico (backlash em algum ponto do sistema de movimentação - polias, correias, fuso, ...), desse modo, é útil verificar se o problema ocorre nas duas direções de deslocamento (x,y). Como é a sua máquina mecanicamente?
Parece que o problema só ocorre quando a máquina muda a direção e o sentido de deslocamento (x+, x-, y-, y+), é isso mesmo? Se for, a solução se simplifica.