...O problema é o led que fica ligado mesmo depois do comando "ejetar"....
Isso não deveria acontecer.
Pode ser uma indicação de problemas no pen.
Ou ele não esta realmente desmontado pelo comando ejetar
No terminal digite
mount
Vai aparecer todas as partições montadas.
A saida do meu pen é esta:
/dev/sdb1 on /media/KINGSTON type vfat (rw,nosuid,nodev,uhelper=hal,uid=500,utf8,shortname=mixed,flush)
O que vc precisa saber daí é a parte "/dev/sdb1".
Então para desmontar o pen, digite:
umount /dev/sdb1