Gerson,
Se estas "travadinhas" são audíveis e acontecem em intervalos regulares, provavelmente é o micro quem está gerando estas interrupções.
Pode ser alguma configuração (ou característica) de gerenciamente de energia (ACPI, APM, SMI) presentes nas configurações da BIOS, ou mesmo alguma incompatibilidade de algumas placas-mãe no suporte a USB.
Algumas placas de video podem atrapalhar o funcionamento correto do programa.
Falando agora sobre o próprio ambiente Windows, nada de proteção de telas ou antivirus - estes costumam atrapalhar em muito o funcionamento de certas placas mãe.