Boas.
Qual o programa que estas a usar?
Se for o Mach3, verifica se na janela principal não tens o scale com algum valor diferente de 1 (em frente das janelas que mostram a posição de cada eixo)
Nas definições de motor, tens de configurar o numero de passos por unidade de medida (e não apenas o numero de passos do motor)
Para descobrires os pulsos por unidade podes fazer contas entre a relação de transmissão e a rotação do motor, ou como eu fiz na minha, desloquei o eixo uma determinada distância e depois dividi os passos que ocorreram para essa deslocação pela distância percorrida pelo eixo.
Esta configuração deve ser feita de forma independente para cada eixo.
Boa sorte