Imagino que tenha que usar dois sensores dispostos de forma a informar quando o punção está no alto, e um circuito que informe ao drive que irá ter uma parada - nesse momento deve existir um comando que diz ao drive para frear até a parada completa e que deve parar com um sensor acionado isto é, com o punção no alto.
Uma vez parado, o outro sensor informa ao Mach3 que está acionado (ou ao contrário, informa que está aberto), e este libera a movimentação do cnc...
Já não lembro mais de todas as funções do drive desse servo, mas se não me engano ele tem como sinalizar quando o servo está parado (via software) - acho que se pode programar para informar "Zero Speed" por uma das saídas digitais...
Talvez ainda (como alternativa) dê para configurar o drive para parar sempre na posição de index do encoder, mas não sei se funcionaria caso estiver usando alguma redução na saída no servo...