Ismael,
Não existe uma forma pré definida de resolver o problema - é preciso definir como o processo funciona e assim se define qual a melhor técnica de acionamento a ser adotada.
Existem diversas maneiras de resolver o problema, umas mais simples e outras mais complexas, e ainda deve-se encontrar meios mais seguros e menos suscetíveis à erros ou enganos de sequencia de trabalho, sem contar com métodos de recuperação de sequencia de trabalho caso tenha que parar no meio do trabalho para resolver algum problema.
Antes apenas um conceito:
Um sensor de presença (final de curso mecanico, magnético indutivo etc) gera um sinal que é interpretado pelo programa de controle que irá reagir de uma determinada maneira.
Estou supondo que seu sistema deva funcionar mais ou menos assim:
Como o avanço do eixo Z é pneumático, provavelmente você terá um relé que comanda uma válvula para mandar o "Z" para baixo, e quando o eixo chega no final de um curso pré determinado, o "Z" deverá subir e assim que chegar no final do curso, haverá um sensor que sinaliza para o cnc mudar de coordenada.
Me confirme se é isso mesmo e depois vejo o que pode ser feito.