Bom Tarde F. Gilli,
Os botões no eixo z seriam somente para posicionar de forma mais rápida o eixo z.
Referente os pinos de entrada e saída, teria como você me dizer quais os pinos que é aconselhável deixar como saída e quais deixar como entrada e quais que podemos usar como saída ou entrada, pois ainda estou meio confuso pois no manual do mach3 diz que os pinos 1 a 9, 14, 16 e 17 são saídas e os pinos 10, 11, 12, 13 e 15 são entradas, foi oque eu entendi através da imagem abaixo.