À princípio nenhuma diferença, já que os arquivos de corte são nada mais que informações em formato texto contendo comandos e coordenadas de deslocamento - só isso...

Se tem diferenças, é por que o post processador usado para criar o .tap tem comandos diferentes do usado para criar o .cnc.

Como o Fábio ja falou, qualquer arquivo .txt também é aceito pelos programas, conquanto tenha código g.
Algumas outras extensões: .nc, .ngc, .mpt, .mpf, .iso, etc.

Hoje eu testei um arquivo .TAP gerado pelo artcam, e eu gostei das diferenças, no arquivo .CNC quando a máquina começa o trabalho os 3 eixos se movem ao mesmo tempo, ou seja o Z nao sobe primeiro e depois o X e Y se movem, e eu sempre tinha que editar o codigo pra fazer o eixo Z subir primeiro, e também nos percusos de furação, no codigo .CNC o eixo Z descia com a velocidade configurada da ferramenta desde o começo, com o TAP o eixo Z desce com a velocidade máxima até o Z de retração e só ai diminiu a velocidade.