Algumas opções:
(1) Usar 4 eixos para movimentação e o 5º eixo para acionar relés. Basta usar as saídas PULSE, DIR e ENABLE para acionar três relés respectivamente.
(2) Usar o sinal Enable de um dos eixos que você usa. Normalmente, o sinal "Enable" não é utilizado de fato, pois os eixos ficam sempre ligados, os motores ou estão parados e travados ou em movimento, mas sempre habilitados. Cabe mencionar que caso não estejam habilitados (Enable=0), os motores de passo perdem o torque de retenção, que é necessário para manter o eixo parado (freado na posição). Então, você pode deixar um eixo com Enable=5V e usar o sinal de saída para acionar o relé, logicamente, deverá mudar a atribuição desse sinal no Mach3.
O circuito para acionar o(s) relé(s) é o seguinte: