No processo de procura das origens, eu diria que é mais comum o eixo Z subir, mas isso não é mandatório.

No caso de usinagem de placas de PCB, creio que o ideal é ter uma mesa o mais plana possível em relação ao eixo Z e que se consiga determinar com certa exatidão a altura da ferramenta em relação à placa, assim se consegue uma maior repetibilidade nos serviços...

Para isso eu diria que mais importante do que as origens da máquina, ter um meio de localizar a altura da ferramenta com precisão.

Ok Eu vejo dois problemas aqui...

   Quando voce liga a maquina, ou quando voce precisa resetar as coordenadas reais da maquina voce zera a posicao com a operacao de (homing)
   Na hora de usinar voce estabelece a localizacao do tabalho com a operacao de (touch off) que vai zerar as coordenadas relativas.
   Entao nao importa aonde o Z esta zerado. Na hora de usinar voce zera as coordenadas relativas no topo do trabalho que resolve o problema.

Bom, para inverter a configuracao da posicao zero da maquina voce tem duas opcoes... Voce pode selecionar o "home" como o +limit ou -limit ... ou seja se voce escolher o limite da outra ponta como "home" voce estara invertendo aonde ele zera a maquina. Fazendo isso voce deve ter tambem que configurar as posicoes maxias de deslocamento pois voce esta invertento a orientacao.

ok.. o Z tem que diminuir em direcao ao trabalho, e aumentar na direcao oposta. Se nao e' isso que esta acontecendo voce pode inverter o pino de direcao do Z na configuracao do Mach3. ai a direcao do caminho do Z vai ser invertida.