Marcio,
Experimentei os dois arquivos e não notei nenhum problema em nenhum deles.
O arquivo menor (test.cnc) usa interpolações circulares normalmente e o outro (novtest.cnc) foi criado sem nenhuma interpolação, e igualmente funcionou muito bem.
Experimentei trabalhar alterando entre velocidade constante e parada exata, e em ambos os casos funcionou como esperado, e na minha máquina em especial preferí trabalhar com Velocidade Constante (G64).
Experimentei habilitar o G64 direto nas configurações do Mach3 e também ao contrário - deixando-o em G61 (Parada Exata) mas fazendo a chamada da função no arquivo de corte, inserindo G64 no cabeçalho do arquivo - funcionou da mesma maneira.
Notei que a velocidade de avanço está bem alta - cerca de 4500mm/minuto, então experimentei baixar até uns 10% disso = cerca de 450mm/min e não notei nada de errado na execução - nenhuma parada irregular, o que me faz crer que pode ser um problema de configuração aí no seu micro, ou alguma coisa que está atrapalhando a execução do programa.
Tentei fazer um filme, mas ainda não deu certo - se eu conseguir posto aqui o resultado.